Kärsa kogudus sai 30. jaanuaril 30aastaseks. Käime koos õigeusu kiriku Võnnu-Kärsa koguduse tarbeks 1878 valminud pühakojas Ahja jõe kaldal.
Pärast õigeusu koguduse likvideerimist 1963. aastal kasutas Põlva Tarbijate Kooperatiiv kirikut suhkrulaona ning jättis lõpuks lihtsalt lagunema. Räpina metodisti koguduse liikmed otsustasid aastal 1989 kiriku taastada ning esimene metodisti jumalateenistus peetigi 14. mail. Sama aasta suvel saadi luba kirikuhoone kasutamiseks nii EAÕK metropoliidilt kui ka kohalikult võimult. 24. veebruaril 1990 pühitses superintendent Olav Pärnamets kiriku taas Jumalale ning Kärsa kogudust hakkas teenima Olavi Ilumets.
1992. aastal kinkis Rootsis elav Austria kunstnik Dolf Mayern Kärsa kirikule ainulaadsed, Ilmutusraamatust inspireeritud altarimaalid. Käies Eestis, maalis ta kohapeal kirikusse ka seinamaalingud. Maalid pühitseti 4. aprillil 1993 piiskop Hans Växby poolt.
Esimestest leerikursustest kasvas välja noortetöö, mida hakkas juhtima Ülle Lauritse (praegune Kure).
1992 osteti väliskoguduste abiga Ahja keskuses endine vorstivabriku hoone, milles oli algselt kasutamiseks üks väike tuba. 1993 alustati maja kapitaalremondiga. Alates suvest 1994 saatis Bartlesville kogudus Oklahomast, USAst abiks vabatahtlike gruppe, kuid abistajaid oli ka mujalt. Bartlesville kogudus käis suviti abiks kuni aastani 2010. Kõige muu kõrval ei unustatud ka kohalikke lapsi, kellele koos eesti abilistega korraldati lastepäevi Rõõmuralli.
Koguduses toimusid suuremad muudatused aastal 2001, mil 9. septembril õnnistati ametisse uus pastor Rein Laaneser.
Lastetöö võttis Maie Ilumetsalt üle Kaia Lauritse (praegune Põder), aastatel 2003-2008 juhtis lastetööd Jana Laaneser. Koos EELK Võnnu ja EELK Maarja-Magdaleena kogudustega korraldasime ühiseid suve- ja talvelaagreid lastele. Eesti lastetöö tegijatega on aga ka hiljem erinevaid teemapäevi läbi viidud. Ahjal käis paar aastat koos teismeliste tüdrukute klubi, kuid noored kolisid pärast kooli lõppu mujale ja noortetööks see ei kujunenud.
2017. aasta jõuluteenistuseks saime kirikusse uue ahju ja võime ka kõige külmemal talvel soojas ruumis teenistusi pidada.
Koos EELK Võnnu kogudusega peetakse jaanipäeval ühiseid kalmistupüha teenistusi. Ahja hooldekodus on head sõnumit jagatud nii jõulude kui ülestõusmispühade ajal, samuti koolis 1. advendil.
Kahjuks on praeguseks nii laste- kui noortetöö koguduses soiku jäänud. Pole ka muusikuid, kuid aeg-ajalt on kooli muusikaõpetajad meid toetanud.
Oleme korraldanud nii Alfa, Beeta kui Jüngrikursust. Kohapeal elavad koguduse liikmed on valdavalt eakad, leerikursused läbinud noored aga kaugel ja satuvad teenistustele kord-paar aastas. Kuna pastor ise käib Tallinnast, siis teeb see olukorra veel keerulisemaks, sest töötegijaid kohapeal pole.
Kärsa kirikus toimuvad jumalateenistused kaks korda kuus pühapäeviti. Kogudus on väike ja aina raskemaks muutub kahe hoone (kiriku ja misjonikeskuse) ülalpidamine. Ka kirik vajaks hädasti remonti, aga küll Jumal teab meie soove ja vajadusi. Tema armu läbi on kogudus Kärsale 30 aastat tagasi rajatud ja tema armu najal oleme siiani püsinud, mille eest oleme väga tänulikud.
