Eesti Vabariigi taastamine 1991. aastal lõi uusi võimalusi ka Eesti Metodisti Kiriku jaoks. Juba varem, nõukogude perioodil, oli pastoritel ja kiriku töötegijatel soov end teoloogiliselt harida – piiratud võimalustele vaatamata peeti seminare ja kuulati loenguid. Nii oli kooli loomine loogiline jätk eelnenule, mille eesmärk oli jätkata töötegijate ettevalmistamisega kogudusetöö erinevate valdkondade jaoks.
Pidades silmas metodisti kiriku väiksust, võrreldes näiteks luterlaste või baptistidega, oli oma teoloogilise kooli asutamise mõte hulljulge. Ei olnud ju majanduslik olukordki riigis sel ajal kõige parem. Kuid välistest olukordadest hoolimata sai ammune unistus „päris oma“ koolist 1994. aastal tõeks. Kahtlusteta oli see Jumala ime ja tegu. Et meie kirikul kooli rajamise oskustest nappis, saatis World Methodist Evangelism meile appi Wes ja Joy Griffini. Nii nende kui Olav Pärnametsa ja Eddie Foxi panust seminari rajamisel on raske ülehinnata.
EMKTS kujundas oma õppekava viisil, mis arvestas muuhulgas eesti kõrgharidusele esitatud nõudmistega selleks, et taotleda riiklikku akrediteerimist ja saada nii tunnustatud rakenduslikuks erakõrgkooliks. See tähendab, et riiklikult tunnustatud diplomi saamiseks tuli läbida nelja-aastane päevane õpe ja koguda nõutud ainepunktide summa (240 EAP), lisaks kirjutada lõputöö. Kuid juba algusest pakuti võimalust piirduda ka aastase praktilise teoloogia põhikursusega.
1998. aasta kevadel sai EMK Teoloogilisest Seminarist riiklikult akrediteeritud rakenduslik erakõrgkool – üks neljast teoloogilist haridust pakkuvast kõrgkoolist Eestis (Tartu Ülikool, baptistide Kõrgem Usuteaduslik Seminar ja luterlaste Usuteaduse Instituut. Nimetatud koolidega on aastate jooksul peetud sidet nii ühiskoolituste näol kui ka jagatud kogemusi õppejõudude vahetusega). Alates 2012/2013 õppeaastast läks seminar üle sessioonõppele (tsükliõpe) ja kolmeaastasele õppekavale, järgides üldist hariduspoliitikat Eestis. Kuid selle kõrval on täna seminaris võimalik õppida täisajaliselt moodulõppes, aga huvilistel ei ole keelatud ka registreeruda, et võtta üksikuid huvipakkuvaid aineid vabakuulajana ja süvendada selliselt oma teadmisi teoloogiast. Aeg-ajalt pakub seminar täiendkoolitusi ka koguduse pastoritele ja juhtidele.
Kui EMKTS-i õppekava sarnanes suures osas teiste Eestis tegutsevate teoloogiliste koolide õppekavadega, siis meie seminari eripäraks on algusest peale olnud õppetöö kolmes keeles – eesti, vene ja inglise. Võimalus õppida erinevates keeltes on loonud seminaris rahvusvahelise ja oikumeenilise õpikeskkonna. EMKTS-s on õppinud ja õpib üliõpilasi Venemaalt, Ukrainast, Soomest, Rootsist, Lätist, Leedust, Rumeeniast, USAst; eesti hõimurahvaste hulgast võib nimetada komisid ja udmurte. Viimastel aastatel õpib siin mitmeid üliõpilasi Ghanast, üks Nigeeriast pärit vilistlane õpib edasi Tartu Ülikoolis.
Seminari avatusest annab tunnistust tõsiasi, et siia on tulnud õppima ja õpivad tänaseni inimesed erinevatest konfessioonidest nagu baptistid, luterlased, adventistid, õigeusklikud, nelipühilased ja vabakoguduste liikmed. Rahvusvaheline ja konfessioonideülene on olnud ka seminaris loenguid pidanud/pidavate õppejõudude kaader.
Eesti Kirikute Nõukogu on EMKTS-i panust oikumeeniasse kahel korral tunnustanud aastapreemiaga, öeldes 2005. aastal: „EMKTS on kehastanud Kiriku kui Kristuse ihu ühtsust selle mitmekesisuses“; ja 2007. aastal: „EMKTS on aidanud kaasa erinevate rahvuste ja kultuurikogukondade koosööle ja lõimumisele.“
Seminari esimene sessioon toimus kiriku laagrikeskuses Aa rannas augustikuus, septembris jätkati aga juba Tallinnas, kiriku keskuses Apteegi tänaval. Sealsed olud olid küll kitsad, kuid vaatamata sellele meenutavad Apteegi tänava majas õppinud tudengid seda aega soojuse ja tänutundega. Üliõpilaste ja õppejõudude omavaheline osadus oli hindamatuks toeks nii õpingutele kui vaimulikule kasvamisele.
Kuna 1994. a kevadel oli Asbury Teoloogilise Seminari magistrikraadiga lõpetanud Andrus Norak (varem Tartu metodisti koguduse pastor), siis sai temast ka kooli esimene rektor. Dekaaniks nimetati Wes Griffin USAst, prodekaaniks Kersti Raudsepp, kes oli samuti äsja lõpetanud teoloogilised õpingud ja omandanud magistrikraadi Austrias. Täiskoormusega õppejõududena andsid loenguid Wes ja Joy Griffin, Andrus Norak, Margit Sepp, Kersti Raudsepp ja Mark Nelson; igal aastal külalisõppejõuna üliõpilaste poolt eriliselt armastatud Jack Killian USAst jpt. Pärast Wes ja Joy Griffini tagasipöördumist USAsse täitis dekaanikohustusi mõnda aega Kersti Raudsepp, sealt edasi aga Lii Lilleoja.
1999. aasta jaanuaris kolis seminar uutesse, avaratesse ja kõigi tehniliste võimalustega ruumidesse vastvalminud metodisti kirikus Narva mnt 51.
Et seminari esimene rektor Andrus Norak kutsuti igavikku 2011 aastal, siis võttis kooli juhtimise enda kanda – lisaks dekaani-kohustustele – Lii Lilleoja. Kuid tema soov pühenduda täielikult oma õpitud erialale haridusteadustes tingis uue rektori valimise. Selleks sai Meeli Tankler (kuni aastani 2018), 2010.–2014. aastani korraldas õppetööd aga dekaan Anne Saluraid. Täna jätkavad neis ameteis Külli Tõniste rektorina ja Mark Nelson dekaanina.
Esimene lend oli ja jääb seminari ajaloos eriliseks, sest üliõpilaskond koosnes peamiselt neist, kes juba aastaid ja aastakümneid olid kogudusi teeninud. Õppetöö kõrval lasusid enamikul neist ka kohustused pere ja ajaliku töö ees. Suur hulk väga heade tulemustega – cum laude – lõpetajaid oli aga tunnistuseks õppima tulnute tõsisest huvist ja pühendumisest õpingutele. Nälg teadmiste järele ja soov kasvada ka vaimselt oli ilmne.
Kahekümne lennu 235-st lõpetanust on suur osa läinud edasi õppima nii eesti kui euroopa ja ameerika kõrgkoolidesse teadmiste täiendamiseks, et veelgi paremini täita Jumala kutset, olgu kogudustes või ühiskonnas laiemalt. Nii võibki vilistlaste hulgas leida kõige enam koguduste pastoreid, kaplaneid kaitseväes, vanglates ja hoolekandeasutustes, misjonäre ja õppejõude. Paljud on leidnud oma kutsumuse pühapäevakooliõpetajatena, piibliõpetajatena, koguduste ajakirjade kaastöölistena, sotsiaalvaldkonnas kirikus ja ühiskonnas, äris ja majanduses.
25 aastat EMKTS-i on kandnud head vilja ja olnud seeläbi kiituseks Issandale.
„Niisiis, mu armsad vennad, olge kindlad, kõigutamatud ning ikka innukad Issanda töös, teades, et teie vaevanägemine Issandas ei ole tühine“ (1Kr 15:58).
