Eesti Metodisti Kiriku ajaloos oli väga eriline 1994. aasta, kui asutati kõrgkool, mille ülesandeks oli valmistada ette pastoreid ning töötegijaid koguduste erinevate töövaldkondade jaoks. Kuid juba varem oli Olav Pärnametsa südames kerkinud esile visioon, et Eesti Metodisti Kirikul võiks olla oma vaimulik õppeasutus. Selle visiooniga haakus Metodisti Maailmanõukogu Evangelismikomitee juht Dr. Eddie H. Fox, kes leidis Asbury Teoloogilise Seminari lõpetanud Wes ja Joy Griffini ja innustas neid tulema Eestisse.
1994. aasta alguses tuli Wes Griffin perega USAst Eestisse, et olla abiks seminari ettevalmistustöödes. Valmisid kooli põhikiri ja õppeplaanid, ametisse võeti õppejõud ja abipersonal. Sama aasta augustis asutati ametlikult EMK Teoloogiline Seminar. Kõrghariduse omandamise nominaalseks õppeajaks sai neli aastat, kuid võimalik oli läbida ka üheaastane praktilise teoloogia põhikursus.
Õppetöö hakkas toimuma päevases õppevormis kirikukeskuse kitsastes ruumides Apteegi tn 3. Suur osa esimestest üliõpilastest olid tegevpastorid. Praegustest EMKTSi töötajatest olid esimeste tudengite seas Anne Saluraid, Rein Laaneser ja Taavi Hollman. Seminari esimeseks dekaaniks sai Wes Griffin ja esimeseks rektoriks Andrus Norak, kes õppis 1992–1994 Asbury Teoloogilises Seminaris ja omandas seal magistrikraadi. Asbury kogudus USAs tegi eestlastega kümneaastase koostöölepingu, et aidata üles ehitada metodisti kirikut ja toetada seminari.
Paari aasta jooksul liitusid seminari meeskonnaga Üllas Tankler dekaani kohusetäitjana ning Mark Nelson ja Meeli Tankler õppejõududena. Uueks dekaaniks sai Kersti Raudsepp ja raamatupidajaks Maiu Mäevere. 1998. aasta kevadel kinnitati EMKTS riiklikult akrediteeritud rakenduslikuks erakõrgkooliks. Sama aasta sügisel asus dekaani ametisse (ja hiljem ka rektori kohusetäitjaks) Lii Lilleoja. 1999. aastal, kui seminar kolis Narva maantee uude kirikuhoonesse, liitus meeskonnaga Marti Hollman. Aastatel 2001–2010 pakkus seminar lisaks päevasele õppele ka kaugõppe võimalust.
2002. aastal hakkas EMKTS saatma misjonigruppe Venemaale soome-ugri rahvaste juurde ja võttis õppima soome-ugri tudengeid sealse kristliku töö toetamiseks. Aastal 2009 asus seminari rektori ametikohale Meeli Tankler, dekaaniks sai Anne Saluraid. 2010 läks päevane õpe üle moodulõppe süsteemile ja ühineti e-õppe konsortsiumiga, 2012 käivitus koostöös EMK ja ordinatsioonikomisjoniga pastorite täiendõppe programm. 2013. aasta mais allkirjastati koostöömemorandum Asbury Teoloogilise Seminariga, 2014 Päästearmeega, MTÜ Lastekeskusega Tähetorn ning Eesti Kristliku Nelipühi Kirikuga. Misjonipraktika osas on seminaril aastast 2011 kehtiv koostööleping Eesti Evangeelse Alliansi misjonitoimkonnaga.
2013. aastal läks EMKTS üle kolmeaastasele õppekavale. 2012/2013 kaaluti ühinemist EELK Usuteaduse Instituudiga, kuid see jäi ära. Sügisel 2014 andis Anne Saluraid dekaani ametikoha üle Mark Nelsonile.
2015. aastal asusid seminaris tööle GBGMi (General Board of Global Ministries) misjonärid Külli Tõniste ja Douglas Childress. Järgmisel aastal alustas õpetamist Hindrek Taavet Taimla. 2016 valminud seminari uuendatud õppekava sai nimeks „Teoloogia ja misjon“. 2017 toimusid kahepäevased läbirääkimised Asbury Seminari delegatsiooniga võimaliku ühise magistriprogrammi osas esialgse nimega Master in Intercultural Studies. 2018 andis Meeli Tankler rektori ametikoha üle Külli Tõnistele.
2019. aasta mais tähistati EMKTSi 25. aastapäeva. See algas üritusega Mere pst 3 kirikus ja endise kirikukeskuse hoone külastamisega Apteegi tn 3. Seejärel toimus uues kirikuhoones pidulik vastuvõtt. Samal päeval asutati seminari vilistlaskogu.
2020. aasta märtsis toimus koostöös Asbury Teoloogilise Seminariga esmakordselt Koguduse Kasvu Konverents (I). Osalejaid oli nii Baltimaadest, Skandinaaviast kui mujalt Euroopast. Koroonastressi leevendamiseks toimusid sel perioodil hingehoidlikud keskpäevapalvused. Covidi tõttu tegi seminar läbi kiire tehnilise arengu, et pakkuda õppuritele hübriidõpet. Samal aastal loodi Balti stipendium Läti ja Leedu metodistidele ja algas strateegilise arengukava 2021–2023 väljatöötamine. EMKTSi teadusarendusjuhi ametikohale valiti dr Meeli Tankler.
2021. aasta veebruaris kinnitati viieaastane palgasüsteem akadeemiliste töötajate palkade iga-aastaseks tõusuks, et läheneda viie aastaga Eesti keskmisele palgale. 2021–2022 liitusid seminari tiimiga 2018 lõpetanud Kaire Lotamõis ja Tetyana Radomska, kes lõpetas seminari 2006.
Venemaa sissetungi järel Ukrainasse veebruaris 2022 sai prioriteediks hingehoid. Juunis loodi sõjaaja stipendium õppetoetusteks sõja- ja majanduskriisi tingimustes. Kõrgharidusseaduse muudatuse kohaselt said sel kevadel esimest korda bakalaureusekraadi ka EMKTSi lõpetajad. Sügisel otsustas Holston Foundation saata seminarile kooli arenguks aegade suurima, 100 000 dollari suuruse kingituse. Lätis Liepaja lähistel toimus ÜMK laagrikeskuses Camp Wesley uue kooliaasta väljasõidusessioon. Erasmus+ Harta võimaldas seminari tudengite ja õppejõudude mobiilsust ja koostööd teiste Euroopa koolidega. Detsembris 2022 ilmus koostöös TÜ Usuteaduskonna ja EMKTSi õppejõududega Usuteadusliku Ajakirja erinumber koroonapandeemia mõjust.
Veebruaris 2023 ilmus piiblikommentaar Central and Eastern European Bible Commentary (Lexham Press), autoriteks EMKTSi rektorid dr Meeli Tankler ja dr Külli Tõniste. Märtsis toimus tudengitele ja õppejõududele Douglas Childressi ja Taavet Hindrek Taimla juhtimisel õppereis Budapesti ning paastuaja Uue Testamendi ja Psalmide ühislugemine. 9. mail 2023 ilmus väljaandes Christianity Today artikkel, millega kajastati EMKTSi tööd rahvusvahelises meedias. Juunis tekkisid esimesed Euroopa kontaktid Erasmuse kaudu, kui seminari külastas Evangelical Theological Faculty Belgias esindaja. Suurel Neljapäeval 2023 avati pidulikult uuendatud õpetajate tuba; kööginurga rajamine ja remont sai tehtud taaskasutuse printsiipe arvestades. Juunikuus toimus strateegiline koolitus filantroopiast teemal „Heldete jüngrite kasvatamine“, läbiviijaks dr Scott Gilpin.
Seoses EMK lahkumisega ÜMKst sai juulis 2023 uueks EMKTSi eestseisuse esimeheks superintendent Robert Tšerenkov. Lõppesid misjonäride Külli Tõniste ja Douglas Childressi misjonärilepingud GBGMiga. Rektori kohusetäitjaks sai senine rektori assistent Taavi Hollman. 2023–2024 loodi uus õppe- ja arengukava.
Eesti Metodisti Kiriku Teoloogilise seminari 281 vilistlase hulgas on paljudele tuntud pastor ja vanglakaplan Allan Kroll, pastor Veikko Võsu, piiskop Alur Õunpuu, religiooniantropoloog, saatejuht ning koolitaja Jaanus Kangur, samuti lastekeskuse Tähetorn direktor Veronika Fjodorova, superintendendi assistent Marjana Luist ja puuetega laste tugikodu Päikesekiir direktor Leana Põld.
Väljastpoolt Eestit on seminaris õppinud Läti Metodisti Kiriku superintendent Edgars Šneiders, Leedu Ühinenud Metodisti Kiriku superintendent Remigijus Matulaitis, Rumeenia Ühinenud Metodisti Kiriku superintendent Rares Calugar jt.
